В 1336 году ранее сражавшийся на стороне императора Асикага Такаудзи, восстав против двора, смог завоевать Киото. Бежавший в Ёсино Годайго основал в тех местах Южный двор. Одновременно с этим престол в Киото занял другой император, что стало результатом спора между ветвями имперской семьи о наследовании после кончины императора Госага. Спустя два года, Такаудзи назначил себя сёгуном, а в Киото создал новое правительство. Правительственные здания с 1378 года расположились в районе Муромати, по которому и был назван весь исторический период.
Более полувека существовали в Японии Южный и Северный императорские дворы, которые вели между собой бесконечные войны. Южный двор пал в 1392 году, после чего над страной снова установилась власть императора и власть сёгунов Асикага.