Ода был убит в 1582 году генералом Акэти, который взял приступом его замок Адзути. Но после Нобунаги власть перешла к Тоётоми Хидэёси, его сподвижнику, разгромившему войска Акэти. Он сумел быстро уничтожить всех своих противников и в 1583 году подчинить северные провинции вместе с островом Сикоку, а в 1587 году – и остров Кюсю. В 1590 году, после разгрома в битве при Одавара клана Ходзё в 1590 году Япония была окончательно объединена.
Тоётоми Хидэёси, стараясь установить контроль над всей страной, разрушил множество замков, построенных в период гражданских войн. Организовав в 1588 году так называемую «Охоту за мечами», он конфисковал у крестьян и монахов всё оружие, ввел запрет на занятие земледелием самураям и принудительно переселил их в города.
В 1583 году была начата ревизия всех государственных земель, а в 1590 - перепись населения. В это же время завершилось строительство замка Тоётоми в Осаке.